МастерскаяПроектыИгроделИдеиДизайнВидео

Анализ последовательностей регуляторных районов генов

Опубликовано:
Опубликовано:

Сегодня листал книгу о геноме человека, понял что теории без практики будет маловато, и, более того, книга будет скучновата для рождественских каникул, поэтому купил Гуссерля (это он феноменологию придумал). А генами решил заняться по одной интересной ссылочке

собственно вот, что можно поделать, чтобы прикоснуться к биоинформатике.

Будем искать место промоутера вида (G|C)TATAAA(A|T)(G|A) в цепочке ДНК плодовой мушки. Пошаговая инструкция в лекции имеет студенческий характер, т.е. требуемый результат можно получить, только с некоторыми изменениями. Итак:

  • заходим на сайт ранее ссылка была на http://rsat.scmbb.ulb.ac.be/rsat/
  • в левой панели выбираем Pattern matching -> dna-pattern
  • в Query pattern вставляем STATAAAWR
  • в Sequence вставляем весь текст из http://genome.crg.es/courses/Lisbon04/exercises/day2/search_motifs/sequences/All.fa (он в формате fasta)
  • Search strands меняем на direct only
  • Origin меняем на start
  • Substitutions ставим 1 (при 0 результатов не будет, а на 2 - получим больше совпадений, но что странно - с той же вероятностью 0.89, т.е. 8 правильных из 9)
  • жмем Go
  • в таблице Matching positions в столбце matching_seq кроме "-" должны быть кусочки совпавших генов.
  • жмем кнопку feature map
  • удаляем ересь с html тегами (
    ,
    ,
    ), чтобы в строки начинались с ;
  • для Display limits ставим от 50 до 500
  • в параметрах Map dimensions для опции thickness задаем значение 60
  • Feature handle меняем на color dot
  • ставим галку для positions среди Label keys
  • жмем Go

Это был не курс "Стань генным инженером за 16 шагов", это был всего лишь поиск подстроки, который можно на питоне написать. После этого я бы спросил: "Зачем их находить?", а после возникнет вопрос: "Как искать шаблон, по которому их находить?".

Зачем их находить?

Был такой проект о расшифровке генома человека. В 1990-м году люди с энтузиазмом посмотрели на потенциально огромную работу, прикинули, сколько грантов можно под это дело себе обеспечить и начали сей проект под предлогом победы над многими болезнями. В 2003 году проект закончился. Успешно, кстати. Только есть небольшая проблема: ДНК брали у некой группы добровольных доноров, но геном у каждого человека различный. Поэтому результаты проекта - это лишь некоторая средняя модель, на которую можно опираться, но для каждого человека оно не может с точностью утверждать, какой участок гена за что отвечает.

В 2009 году выходит статья, что программы, которые предсказывают промоутеры, сравнивались между собой неверно, что давало нечестное преимущество. Я уверен, что работы все еще идут, ученые спорят, пьют чаи, но курят больше, чем пишут. К примеру, в Европе уже готовы улучшать ДНК эмбрионов [ссылка на источник потерялась]

Генная инженерия использует промоутеры при исследовании экспрессии генов http://www.biotechnolog.ru/ge/ge9_2_1.htm . Жалко, что практического материала, типа DIY, я не нашел.

Как искать шаблон?

К слову, база данных TRANSFAC требует мыло с академическим адресом. Меня, конечно, заинтересовал почтовый сервис на моем университете - нужно будет подготовить пентест. В итоге, проблема с регистрацией в следующем упражнении (http://genome.crg.es/courses/Lisbon04/exercises/day2/search_motifs/slide9.html), привела меня к иллюстрированному гайду по работе с геном, который вырабатывает лептин: http://compfly.bio.ub.es/eblanco/courses/03_promoteranalysis/

Ответ на вопрос где-то в этом гайде. Я пока работаю над этим. Но то ли извилины медленно работают, то ли отвлекающих факторов масса, то ли еще учиться да учиться мне. Что можно ждать дальше: пентест почтовых сервисов?...